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PROTAC的發(fā)展概述

更新時(shí)間:2023-07-13      點(diǎn)擊次數(shù):771

臨床上使用的大多數(shù)藥物都是基于小分子的。與傳統(tǒng)的小分子抑制劑和拮抗劑不同,蛋白質(zhì)降解技術(shù)由于能夠誘導(dǎo)治療靶點(diǎn)蛋白質(zhì)的降解,近年來(lái)發(fā)展迅速,為新藥的開(kāi)發(fā)提供了新的思路。

PROTACs(PROteothesis-Targeting Chimeras)的概念最早由Crews等人提出。 2001年,PROTACs可以利用體內(nèi)天然的蛋白質(zhì)清潔系統(tǒng)來(lái)降低蛋白質(zhì)水平而不是抑制蛋白質(zhì)功能,從而治愈疾病。 PROTAC是一種異雙功能分子,看起來(lái)像啞鈴,分子的一端連接到結(jié)合靶蛋白的配體,一端連接到E3泛素連接酶,中間有合適的接頭。 PROTAC對(duì)目標(biāo)蛋白的降解是通過(guò)泛素蛋白酶體系統(tǒng)(UPS)實(shí)現(xiàn)的:PROTAC分子與目標(biāo)蛋白(POI)和E3連接酶結(jié)合形成三元復(fù)合物,對(duì)目標(biāo)蛋白進(jìn)行泛素化標(biāo)記,泛素化蛋白被泛素化酶識(shí)別并降解。細(xì)胞內(nèi)蛋白酶體26S。


2022年6月9日,清華大學(xué)饒宇教授團(tuán)隊(duì)在Nature旗下Signal Transduction and Targeted Therapy雜志上發(fā)表了題為“ PROTACs:學(xué)術(shù)界和工業(yè)界的巨大機(jī)遇(2020年至2021年更新) "的綜述文章,詳細(xì)介紹了 近兩年PROTAC技術(shù)的研究進(jìn)展,總結(jié)了PROTAC針對(duì)癌癥、病毒感染、免疫疾病、神經(jīng)退行性疾病的代表性新靶點(diǎn)。

PROTACs新靶點(diǎn)研究進(jìn)展

近20年來(lái),PROTAC領(lǐng)域進(jìn)入了快速發(fā)展期,特別是2015年以Pomalidomide為E3連接酶配體的dBET1 PROTAC成功降解BET蛋白以來(lái),近兩年P(guān)ROTAC相關(guān)研究論文不斷涌現(xiàn)。經(jīng)歷了爆發(fā)式增長(zhǎng)。 2019年,饒宇團(tuán)隊(duì)總結(jié)了40多個(gè)據(jù)報(bào)道被PROTAC降解的蛋白質(zhì)靶點(diǎn)。近兩年新增了約90個(gè)可被PROTAC降解的蛋白靶點(diǎn),涵蓋癌癥、免疫紊亂、病毒感染、神經(jīng)退行性疾病等疾病領(lǐng)域,其中癌癥是主要應(yīng)用領(lǐng)域。

圖2.近兩年P(guān)ROTAC相關(guān)研究的快速發(fā)展
(Signal Transduct Target Ther, 7(1): 181.)

據(jù)統(tǒng)計(jì),基于PROTAC技術(shù)的不同降解劑可降解約54種激酶,占總靶點(diǎn)的45%。激酶已被優(yōu)選作為蛋白質(zhì)降解的靶標(biāo),主要是因?yàn)榇蠖鄶?shù)激酶具有已知且有效的抑制劑或配體,可以輕松修飾以連接接頭并保持足夠的結(jié)合親和力。此外,激酶具有深層結(jié)合袋,可促進(jìn) PROTAC 的結(jié)合,從而誘導(dǎo)激酶與 E3 連接酶的相互作用,進(jìn)而泛素化并最終降解激酶。此外,盡管激酶蛋白具有高度同源性,PROTAC 仍可以選擇性降解不同激酶亞型。

迄今為止,已發(fā)現(xiàn)518種激酶,參與細(xì)胞生存、增殖、分化、凋亡、代謝等多種生理調(diào)節(jié)過(guò)程。如下圖所示,這些激酶根據(jù)其結(jié)構(gòu)和功能可以分為九類(lèi),即受體酪氨酸激酶(RTKs)、TKL激酶(TKLs)、STE激酶(STEs)、CAMK激酶(CAMKs)、AGC激酶(AGC)、CMGC 激酶 (CMGC)、非典型蛋白激酶、CK1 激酶 (CK1) 等。其中,紅色標(biāo)記的是人類(lèi)可降解激酶,具有現(xiàn)有的PROTAC降解劑。受體酪氨酸激酶(RTK)和CMGC激酶(CMGC)的PROTAC降解劑最為發(fā)達(dá),分別有19個(gè)和14個(gè),占總數(shù)的一半以上。相比之下,CK1 激酶 (CK1) 和 CAMK 激酶 (CAMK) 尚未開(kāi)發(fā)出 PROTAC 降解劑。

圖 3. 基于 PROTAC 技術(shù)的可降解人類(lèi)激酶及其分類(lèi)
(Signal Transduct Target Ther, 7(1): 181.)

PROTAC新技術(shù)

由于PROTACs是在POI抑制劑的基礎(chǔ)上發(fā)展起來(lái)的,因此仍然存在一定程度的脫靶效應(yīng)。由于PROTAC的分子量較大,其細(xì)胞膜通透性差和藥代動(dòng)力學(xué)(PK)特性大大降低了其生物學(xué)和治療效果。此外,有些PROTAC雖然能有效誘導(dǎo)靶蛋白降解,但其生物學(xué)作用較弱,對(duì)疾病沒(méi)有有效作用。最后,大多數(shù)蛋白質(zhì)沒(méi)有相應(yīng)的小分子綴合物來(lái)設(shè)計(jì)PROTAC,例如在疾病發(fā)展中發(fā)揮重要作用的轉(zhuǎn)錄因子。由于轉(zhuǎn)錄因子的抑制劑很少,因此在設(shè)計(jì)靶向轉(zhuǎn)錄因子的PROTAC時(shí)沒(méi)有可用的粘合劑。這極大地限制了PROTAC技術(shù)的應(yīng)用。 為了解決上述問(wèn)題,近年來(lái)出現(xiàn)了不同類(lèi)型的PROTAC技術(shù),例如抗體-PROTAC、適體-PROTAC綴合物、雙靶點(diǎn)PROTAC、葉酸籠式PROTAC和TF-PROTAC

抗體-PROTAC

Antibody-PROTAC是一種探索新型抗體-PROTAC綴合物與抗體組裝的新策略。該技術(shù)能夠?qū)Σ煌?xì)胞和組織中的蛋白質(zhì)進(jìn)行特異性降解,從而優(yōu)化治療窗口,減少?gòu)V譜 PROTAC 的副作用,并增加其作為藥物或化學(xué)工具的潛力。

適體-PROTAC 綴合物

適配體是具有復(fù)雜三維結(jié)構(gòu)的單鏈核酸,主要包括莖、環(huán)、發(fā)夾和G4聚合物。它們通過(guò)氫鍵、范德華力、堿基堆積力、靜電效應(yīng)等特殊作用與靶蛋白結(jié)合,具有較高的特異性和親和力,可提高傳統(tǒng)PROTAC的水溶性、膜通透性和腫瘤靶向性。

雙目標(biāo)PROTACS

在癌癥的發(fā)生和發(fā)展過(guò)程中,通常有多種因素共同作用,包括不同種類(lèi)的激酶和生長(zhǎng)因子,它們可以獨(dú)立作用,也可以通過(guò)信號(hào)網(wǎng)絡(luò)相互干擾。該方法主要是設(shè)計(jì)一個(gè)結(jié)合兩個(gè)或多個(gè)藥效團(tuán)的單一分子,同時(shí)靶向兩個(gè)或多個(gè)抗腫瘤靶點(diǎn)。

葉酸籠式 PROTAC

葉酸受體 α (FOLR1) 在正常組織中表達(dá)較低,但在許多人類(lèi)癌癥中表達(dá)較高。葉酸籠式 PROTAC 是另一種提高 PROTAC 靶向特異性的技術(shù)?;驹硎菍⑷~酸基團(tuán)引入PROTAC分子中,實(shí)現(xiàn)在靶細(xì)胞和組織中的釋放。該技術(shù)中,葉酸通過(guò)細(xì)胞內(nèi)源性水解酶的作用釋放出活性PROTAC,然后降解劑誘導(dǎo)目標(biāo)蛋白的降解。

TF-PROTAC

轉(zhuǎn)錄因子(TF)是一類(lèi)參與基因表達(dá)和調(diào)控的蛋白質(zhì),也是癌癥治療的潛在靶點(diǎn)。與傳統(tǒng)激酶不同,轉(zhuǎn)錄因子不具有激酶或其他酶中常見(jiàn)的活性口袋或變構(gòu)調(diào)節(jié)位點(diǎn),這使得它們難以被小分子抑制劑靶向。由于TF可以結(jié)合特定的DNA序列并調(diào)節(jié)轉(zhuǎn)錄過(guò)程,因此理論上可以靶向具有不同DNA序列的TF而不是小分子抑制劑。因此,TF-PROTAC將靶向蛋白的小分子配體替換為相應(yīng)的DNA序列,從而形成TF-PROTAC,靶向特異性TF,并誘導(dǎo)其降解,從而調(diào)節(jié)特異性TF的水平和生物學(xué)功能。

PROTAC的發(fā)展?jié)摿?/span>

與其他藥物和療法相比,  PROTACs具有許多潛在的優(yōu)勢(shì),例如廣泛的組織分布和口服給藥。與其他療法(如細(xì)胞療法、抗體藥物等)相比,PROTAC的生產(chǎn)工藝更為簡(jiǎn)單。與小分子藥物相比,PROTAC可以靶向更多小分子藥物無(wú)法靶向的靶點(diǎn),從而產(chǎn)生更好的療效。因此,PROTAC技術(shù)受到業(yè)界高度關(guān)注,并開(kāi)始應(yīng)用于癌癥、免疫紊亂、病毒感染、神經(jīng)退行性疾病等藥物研發(fā),其中以癌癥領(lǐng)域的應(yīng)用為主一。

PROTACs作為一項(xiàng)新興且有前景的技術(shù),在以下方面顯示出巨大的發(fā)展?jié)摿Α?/span>

首先,PROTAC 對(duì)耐藥靶點(diǎn)表現(xiàn)出異常的敏感性。傳統(tǒng)上,化療一直是癌癥治療的主要手段,但化療藥物的獲得性耐藥性阻礙了臨床應(yīng)用并導(dǎo)致疾病復(fù)發(fā)。后來(lái)開(kāi)發(fā)出激酶抑制劑,免疫療法也暴露了耐藥性的問(wèn)題。由于PROTAC通過(guò)清除整個(gè)靶蛋白來(lái)影響蛋白功能,包括酶促活性功能和非酶促功能,因此該技術(shù)有望解決當(dāng)前治療面臨的潛在耐藥性。

其次,PROTACs有潛力瞄準(zhǔn)“不可成藥的目標(biāo)"。大多數(shù)小分子藥物或大分子抗體需要與酶或受體的活性位點(diǎn)結(jié)合才能發(fā)揮作用;然而,據(jù)估計(jì),人體細(xì)胞中 80% 的蛋白質(zhì)都缺乏這樣的位點(diǎn)。 PROTAC 可以通過(guò)任何角落和縫隙抓住目標(biāo)蛋白質(zhì)。

第三,PROTACs可以影響非酶功能。傳統(tǒng)的小分子藥物通常通過(guò)消除其靶標(biāo)的酶活性來(lái)發(fā)揮作用。越來(lái)越多的研究表明,PROTACs具有擴(kuò)大靶點(diǎn)“可成藥空間"并控制蛋白酶和非酶功能的潛力。

PROTAC 與其他治療技術(shù)的比較

PROTAC 與其他治療技術(shù)的比較
(來(lái)源:信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)和靶向治療)

Arivinas由Craig Crews創(chuàng)立,進(jìn)PROTAC技術(shù)的藥物開(kāi)發(fā)。 近兩年, Arivinas公司開(kāi)發(fā)的針對(duì)雄激素受體(AR)的PROTAC抑制劑ARV-110和針對(duì)雌激素受體(ER)的PROTAC抑制劑ARV-471在前列腺癌和乳腺癌中得到了臨床驗(yàn)證,分別是PROTAC技術(shù)應(yīng)用的里程碑。

PROTACs的臨床試驗(yàn)研究

除了作為研究工具外,PROTAC 在疾病治療方面也具有巨大的應(yīng)用潛力。它已成為一種新的藥物發(fā)現(xiàn)模式,有潛力將傳統(tǒng)藥物發(fā)現(xiàn)轉(zhuǎn)變?yōu)樾碌闹匕醑煼?。截?022年3月,如下表所示,全球已有十余種PROTAC藥物進(jìn)入臨床開(kāi)發(fā)階段。其中Arvinas的ARV-110和ARV-471已進(jìn)入臨床II期,是PROTAC藥物中臨床進(jìn)展最快的。

表1. 全球臨床和IND階段基于PROTAC技術(shù)的蛋白降解候選藥物匯總
(Signal Transduct Target Ther, 7(1): 181.)

結(jié)論

與其他藥物和療法相比,PROTACs具有許多潛在的優(yōu)勢(shì),例如廣泛的組織分布和口服給藥。與其他療法(如細(xì)胞療法、抗體藥物等)相比,PROTAC的生產(chǎn)工藝更為簡(jiǎn)單。與小分子藥物相比,PROTAC可以靶向更多小分子藥物無(wú)法靶向的靶點(diǎn),從而產(chǎn)生更好的療效。因此,PROTAC技術(shù)受到業(yè)界高度關(guān)注,并開(kāi)始應(yīng)用于癌癥、免疫紊亂、病毒感染、神經(jīng)退行性疾病等藥物研發(fā),其中以癌癥領(lǐng)域的應(yīng)用為主一。由克雷格·克魯斯 (Craig Crews) 創(chuàng)立的阿里維納斯 (Arivinas) 是第一個(gè)推出該藥物的公司PROTAC技術(shù)的發(fā)展。近兩年,Arivinas公司開(kāi)發(fā)的針對(duì)雄激素受體(AR)的PROTAC抑制劑ARV-110和針對(duì)雌激素受體(ER)的PROTAC抑制劑ARV-471在前列腺癌和乳腺癌中得到了臨床驗(yàn)證,分別是PROTAC技術(shù)應(yīng)用的里程碑。

盡管PROTAC在過(guò)去20年中發(fā)展迅速,但仍有許多挑戰(zhàn)需要解決。這些挑戰(zhàn)主要來(lái)自?xún)蓚€(gè)方面,即PROTAC分子設(shè)計(jì)和成藥性的優(yōu)化,以及生物活性的綜合評(píng)價(jià)。第一個(gè)是關(guān)于 PROTAC 的分子設(shè)計(jì)和成藥性,涉及靶蛋白配體、新的 E3 連接酶配體和新的接頭。二是生物活性評(píng)價(jià),涉及PROTAC分子的篩選、成藥性評(píng)價(jià)和藥理評(píng)價(jià)。這些問(wèn)題目前還沒(méi)有現(xiàn)成的答案,但相信隨著更多生物學(xué)、藥理學(xué)和臨床研究的發(fā)展,新的評(píng)價(jià)方法和體系將逐步建立來(lái)解決這些問(wèn)題。相信未來(lái)會(huì)有越來(lái)越多的PROTAC進(jìn)入臨床前和臨床研究,這將進(jìn)一步測(cè)試PROTACs的治療效果。預(yù)計(jì)未來(lái)PROTAC技術(shù)將為人類(lèi)疾病治療和生命健康帶來(lái)裨益。

PROTAC 開(kāi)發(fā)中常用的接頭是 PEG。Biopharma PEG是一家專(zhuān)業(yè)的PEG衍生物供應(yīng)商,提供多功能PEG衍生物作為PROTAC連接體。我們擁有 3000 多種高純度PEG 連接體庫(kù)存,為客戶(hù)的制藥和生物技術(shù)研發(fā)領(lǐng)域的聚乙二醇化、生物共軛、ADC 藥物開(kāi)發(fā)提供支持。



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